Tháng 8 năm 1939, Bí thư Tỉnh ủy Quảng Nam là Nguyễn Đức Thiệu bị bắt cùng với nhiều cán bộ Tỉnh ủy. Tỉnh ủy Quảng Nam gần như ngưng hoạt động. Tháng 3 năm 1940, một Tỉnh ủy lâm thời Quảng Nam được thành lập và ông được bầu làm Bí thư. Tháng 10 năm 1940, ông Hồ Tỵ thay ông giữ chức Bí thư.[cần dẫn nguồn]

Tháng 10 năm 1941, ông được cử vào Xứ ủy Trung Kỳ vừa được tái lập[6], được phân công phụ trách các tỉnh từ Đà Nẵng đến Phú Yên. Đầu năm 1942, chính quyền thực dân Pháp khủng bố phong trào cách mạng các tỉnh miền Trung, nhiều cán bộ Xứ uỷ Trung kỳ và các tỉnh bị bắt, một số tạm chuyển vùng hoạt động để bắt liên lạc với cấp trên. Bản thân ông phải lánh vào các tỉnh cực nam Trung Bộ, sau đó tiếp tục lên Đà Lạt xây dựng cơ sở.[7]

Tháng 6 năm 1942, Bí thư Tỉnh ủy Quảng Nam là Trương Hoàn bị bắt, bị chính quyền thực dân kết án 20 năm tù giam, đày lên Buôn Ma Thuột.[cần dẫn nguồn] Ông được điều về giữ chức Bí thư Tỉnh ủy Quảng Nam lần thứ 2. Tháng 8 năm 1942, Liên Tỉnh Thành ủy Quảng Nam - Hội An - Đà Nẵng được thành lập và sau Hội nghị 16 tháng 1 năm 1943 thì 3 đảng bộ hợp nhất thành Đảng bộ Quảng Nam. Ông được bầu làm Bí thư của Đảng bộ Quảng Nam mới.[8]

Tháng 10 năm 1943, do sự phản bội của một tỉnh ủy viên tên Cao Tiến Khai, ông và một số cán bộ tỉnh ủy là Nguyễn Sắc Kim và Lê Bá bị chính quyền thực dân Pháp bắt giam. Ông bị kết án tù chung thân, sau đó giảm xuống 25 năm tù giam ở nhà lao Hội An, sau đó chuyển sang đi đày ở Buôn Ma Thuột[9], bị giam cấm cố (khám số 2) không cho giao tiếp với ai.[5]